William, Prince d'Orange marié à la sœur, Mary, de James fut sollicité par le Parlement afin de devenir roi. James se réfugia en France. Louis XIV trouva là une opportunité de combattre l'Angleterre et de bouter William hors d'Irlande. Il fournit au roi déchu des officiers français et des armes et débarquèrent à Kinsale en mars 1689. Le Comte de Tyrconnel, un allié de James, mis également à disposition son armée qui contrôlait une grande partie de l'île.

James s'empressa de convoquer le Parlement largement catholique afin que les députés abrogent la loi d'occupation installée par les colons. Pendant le gouvernement de Tyrconnel, premier vice-roi catholique depuis la Réforme, les protestants avait vu leur influence décliner au sein de l'armée, des institutions civiles et politiques. Seul en Ulster la communauté protestante tenais le coup.
En septembre 1688 alors que James étais encore roi, les apprentis de Londonderry (ou Derry) fermèrent les portes de la cité afin de protester et d'empêcher la venu d'un régiment catholique à la solde de Lord Antrim.
En avril 1689, Londonderry refusait toujours de se rendre à l'armée de James. Des protestants de Enniskillen défendirent leur ville fortifiée avec la même vigueur que ceux de Londonderry, et gagnèrent un certain nombre de batailles contre les troupes catholiques.

James se serait alors retiré de la province du nord. William ne pouvait faire abstraction de la menace irlandaise. En août 1689 Marshal Schomberg débarqua à Bangor avec 20000 hommes de troupe et, aidé des troupes d'Ulster il repoussa le front jusqu'à Dundalk. La retraite de l'armée irlandaise prit la direction de Dublin mais aucune bataille ne fût livrée et les deux armées prirent leurs quartiers d'hivers. En mars 1690 l'armée jacobite fût reforcées avec l'apport de 7000 soldats français, mais Louis XIV demanda en retour 5000 soldats irlandais.
Quant à l'armée du roi William elle obtint des renforts du Danemark, d'Angleterre (dont le Suffolk Regiment) et d'Allemagne. Le 14 juin, c'est une armée forte de 36 000 hommes qui marchent sur Dublin. Malgré quelques résistances rencontrées près de Newry l'armée de James fût repoussée jusque sur les rives de la Boyne.

La charge fût donnée à 4h du matin le 1er juillet 1690 sur un passage guéable de la rivière à la hauteur du village de Oldbridge par l'infanterie. Un détachement de la cavalerie et de l'infanterie fît une attaque foudroyante et coupa toute possibilité de retraite aux troupes de l'armée irlandaise. L'effectif de l'armée de William est à ce moment supérieur de 10 000 hommes à celle de James.
En milieu d'après midi l'armée jacobite sonne la retraite avec leur chef en tête qui gagne Dublin pour alerter la ville de l'approche de William. Le 6 juillet William entre dans Dublin où il donne ses remerciements pour sa victoire à " Christ Church Cathedral ".

La plupart des soldats irlandais survivants s'engageront dans des troupes européennes, surtout françaises. Ces mercenaires sont appelés les "oies sauvages".