Ce comptoir était devenu le plus important des établissements français en Inde, par l'ambition d'un roi, Louis XIV puis d'un gouverneur, Dupleix. Au-delà de l'échec militaire, le recul de l'influence française s'explique par l'absence d'une véritable volonté d'affirmation de la France dans cette partie de l'Asie.
Arrivés bien après les Portugais (1497), les Anglais (1601) et les Hollandais (1605), les Français ne se sont implantés aux Indes qu'à partir du règne de Louis XIV, dans la seconde moitié du XVII` siècle. Les Français assurèrent leur implantation en créant d'une part la Compagnie des Indes Orientales (à l'initiative de Colbert en 1664) et d'autre part des comptoirs : Surate (1666), Pondichéry (1674), Yanaon, Masulipatam, Chandernagor (1686), Mahé et Calicut (1721-1723), et Karikal (1739). Le rachat de la Compagnie en 1719 par le contrôleur général des finances Law' développe une activité dont l'essor dura bien au-delà de sa faillite. Vers 1730, la Compagnie est florissante et fait des bénéfices bien supérieurs à ceux des Anglais.

Dès 1740, la Compagnie met sur pied des bataillons de Cipayes recrutés parmi les indigènes, constitués sur le modèle des armées françaises. Ces unités sont mises au service de nababs alliés; en échange d'avantages commerciaux et de la concession de quelques territoires côtiers. Toutefois, la politique française en Inde n'a pas pour objet d'imposer une véritable souveraineté de la France : il s'agit d'une implantation essentiellement commerciale.
À partir de 1740, la guerre de succession d'Autriche (1740 - 1748) puis la guerre de Sept ans (17561763) conduisent Français et Anglais à s'opposer en Europe, mais aussi dans le monde : l'Asie devient un des théâtres d'opérations. Cette période correspond à la présence du gouverneur Dupleix qui, de 1742 à 1754, s'applique à renforcer la présence française aux Indes et à en chasser les Anglais. Cette politique n'est pas sans danger
Dupleix s'empare de Madras en 1746, mais ce succès provoque un sursaut des Anglais qui menacent Pondichéry en 1748.
La levée de troupes coûte cher et bientôt Dupleix n'est plus soutenu par la Compagnie, attentive surtout aux bénéfices. Louis XV croit davantage aux chances de la France en Amérique qu'aux Indes. Au début de la guerre de Sept ans, l'accumulation des dettes entraîne le rappel de Dupleix. Un nouveau gouverneur, Lally-Tollendal, est bientôt nommé en 1756 : il n'a aucune connaissance ni de la Compagnie, ni de l'Inde. Il écrit en 1758 : "le Roi et la Compagnie m'ont envoyé dans l'Inde pour en chasser les Anglais... tout autre intérêt m'est étranger".
C'est alors que les Anglais décident de prendre le contrôle de la péninsule indienne, et d'en éliminer définitivement les Français. Ils se tournent contre les princes indiens alliés aux Français et remportent une succession de victoires : Chandernagor est prise en mars 1757 et le 22 juin, la victoire de Plassey leur permet de dominer le Nord-Est de l'Inde. La prise du comptoir de Masulipatam (9 avril 1759) prive les Français du contrôle de la côte nord de Coromandel. Enfin la perte de Vandavachy la même année provoque une crise de confiance à la fois parmi les princes alliés, dans la troupe constamment en état de révolte, et dans la population française. Le gouverneur Lally-Tollendal, maladroit, ne parvient pas à y faire face.
En septembre 1760, le colonel anglais Coôte, à la tête d'une armée, de 4 500 sujets britanniques et de
10 000 indigènes, appuyée par 16 navires, arrive devant Pondichéry. Lally-Tollendal ne dispose plus que d'un millier d'hommes. Au bout de sept jours de combat, il s'enferme dans les murs de la ville : le siège commence. Il dure cinq mois, l'artillerie anglaise bombarde la citadelle, mais ne donne pas l'assaut. La chance semble sourire aux Français lorsque neuf navires anglais sont détruits par un cyclone le 1er janvier 1761, mais la faiblesse des soldats français et le manque de secours empêchent un retournement de la situation.

Avec une garnison anémiée de 700 soldats, dont une cinquantaine seulement capable de combattre, et une population ravagée par la misère, Pondichéry capitule le 16 janvier 1761. La garnison dépose les armes. Les bâtiments civils et militaires sont détruits, les Anglais se doutant que le futur traité de paix rendrait Pondichéry à la France et que seule une complète destruction empêcherait l'influence française de resurgir.
Si la création du comptoir de Pondichéry a constitué le fondement de l'Empire français dans les Indes, la capitulation de la ville en a marqué la chute. Le traité de Paris de 1763 restitue les comptoirs à la France mais établit définitivement la souveraineté britannique sur le territoire des Indes. Lally-Tollendal, quant à lui, est jugé rapidement et envoyé à l'échafaud le 9 mai 1766, hué par la foule, accusé de trahison.