Le 11, août 1798 (14 thermidor an VI) à 13 h 30, les veilleurs du vaisseau français l'Heureux signalent une dizaine de voiles venant du nord-ouest. Ce ne peut être que Nelson. Une demi-heure plus tard, les signaux du branle-bas de combat montent dans la mâture de L'Orient, vaisseau de l'amiral Brueys ainsi que ceux de «gréer les perroquets» au cas où les Anglais attendraient l'aube pour attaquer, et qu'à la faveur de la nuit la flotte française puisse s'esquiver. Brueys fait passer 150 hommes de la Sérieuse pour renforcer l'équipage du Tonnant. Chaque unité rappelle les embarcations occupées à faire de l'eau.Car par une aberration stratégique, les Français, pourtant présents sur les côtes égyptiennes depuis près d'un mois, se sont laissés surprendre !
Aux commandants venus sonder ses intentions, Brueys réitère sa décision de combattre au mouillage en raison de la faiblesse et de la médiocrité des équipages. Désapprouvant la décision de Brueys, Dupetit-Thouars quitte L'Orient. Rien n'est joué.

La balance des forces est équilibrée. Les Anglais alignent 13 vaisseaux de 74 canons et un de 50 (le Geander) alors que les Français comptent 13 vaisseaux, dont 3 hors d'âge, réarmés à la hâte alors qu'ils étaient destinés à la casse, 4 frégates et 4 bricks. Mais cet inconvénient est compensé par le trois-ponts de 120 canons (L'Orient), 3 vaisseaux de 80 canons (le Guillaume-Tell, le Tonnant, le Franklin) considérés comme les meilleurs vaisseaux en service à cette époque ce qui confère aux Français un avantage en puissance: 1 182 canons en majorité de 36 livres contre 1012 canons principalement de 24 livres pour les Anglais.

Plan de la bataille

Un brick français est détaché vers les Anglais pour les attirer sur les récifs. Mais les Anglais ne donnent pas dans le piège. Ils reviennent au vent. La brise nordnord-ouest leur est favorable. A 17 heures, L'Orient ordonne à tous les bâtiments de se réunir les uns aux autres par de gros câbles pour empêcher l'ennemi de couper la ligne. Contre toute attente, en dépit de l'absence de quatre de ses vaisseaux , de l'heure tardive, de l'absence de carte, de l'impossibilité de réunir ses capitaines et concerter un plan, Nelson a décidé de passer à l'attaque et d'assumer les risques d'un combat nocturne.
Les 10 vaisseaux anglais contournent le banc de l'îlot d'Aboukir et se dirigent vers le guide français, le Guerrier. Ils ont compris le parti qu'ils peuvent tirer de la position française. Dans une totale improvisation, Foley, commandant le Goliath, a l'audace de passer entre la rive et les bâtiments français. Quatre autres vaisseaux (le Zealous, l'Orlon, l'Audacious, le Theseus) imitent sa manoeuvre et parviennent à se glisser vers 18 heures par l'ouest tandis que cinq autres attaquent depuis le large avec le Vanguard de Nelson.

Vers 18h30, toute l'avant-garde française incluant le Franklin est accablée des deux bords par une force supérieure. Pour ne rien arranger, le Guerrier et le Conquérant, deux vétérans dont les coques pourries volent en éclat à chaque coup ennemi, sont surpris avec leurs batteries bâbord - côté terre masquées. Mais la chance ne sourit pas à tous les Anglais. Gêné par la fumée et l'obscurité, le Bellerophon manque son mouillage et s'immobilise par le travers de L'Orient, qui le surclasse de 46 canons et le foudroie à bout portant. S'étant trop avancé, le Majestic s'engage dans les haubans de l'Heureux auquel il reste accroché dans une position désavantageuse. Son capitaine a été tué. Mais le vaisseau français ne saisit pas l'opportunité de l'amariner, les officiers n'étant pas parvenus à faire monter l'équipage sur le pont. Le Majestic parvient à se dégager. Vers 20 heures, Nelson est gravement blessé au visage au point de croire sa dernière heure venue. Le Bellerophon transformé en ponton par L'Orient quitte la ligne et dérive vers le fond de la baie.

A cette heure rien n'est joué et la bataille aurait pu se solder par la destruction des deux escadres. Mais à ce moment crucial surgissent le Swiftsure et l'Alexander, renforts providentiels. L'avant-garde française étant pratiquement éliminée, les Anglais se concentrent sur le centre et parviemlent à couper la ligne. A 21 heures, un incendie ravage L'Orient. Brueys presque coupé en deux par un boulet meurt sur son banc de commandement qu'il a refusé de quitter. Sur le Tonnant, Dupetit-Thouars. amputé d'un pied, meurt à son tour, debout dans un baril de son, face à son équipage. L'Orient complètement embrasé explose à 22 heures entraînant dans la mort presque tout son équipage dont le commandant Casabianca et son fils de 11 ans.

La plus grande confusion règne à l'arrière-garde, des vaisseaux coupent leurs câbles pour éviter d'être incendiés et entrent en collision quand ils ne se tirent pas dessus. Le désastre est consommé. Un à un les bâtiments français amènent leur pavillon.
A minuit, les combats cessent. Les équipages anglais épuisés s'endorment sur place. La bataille reprend à l'aube. La victoire anglaise tourne au triomphe. Après avoir reçu 800 marins dépêchés d'Alexandrie, deux des vaisseaux de l'arrière-garde, le Guillaume-Tell et le Généreux, aux ordres de Villeneuve, coupent leurs câbles et gagnent le large de conserve avec deux frégates (la Diane et la Justice) sans être inquiétés ni avoir pris part au combat. Après seize jours de navigation, ils vont atteindre Malte. Le Généreux leur aura faussé compagnie et s'emparera du leader portant les trophées d'Aboukir.

La victoire anglaise est éclatante. Les pertes françaises sont très lourdes : 11 vaisseaux et 2 frégates perdus, 1700 tués, autant de blessés, 3 000 prisonniers relâchés par Nelson, incapable de les nourrir. En comparaison, les Anglais n'ont que 896 hommes hors de combat dont 218 tués et deux vaisseaux gravement avariés.
L'annonce du désastre d'Aboukir consterne l'armée d'Égypte qui manifeste à l'égard des blessés averssion et hostilité. Des critiques très vives stigmatisent les états-majors et les amiraux. Devant l'ampleur du malaise un conseil de Guerre sera convoqué pour juger des fautes des amiraux français. L'instruction du procés n'est, aujourd'hui, pas terminé...