Il fut decoré pendant la Premiere Guerre mondiale pour avoir organisé des vols de nuit contre les zeppelins attaquant la Grande-Bretagne.
Durant l'entre-deux-guerres, Harris conserva des responsabilités, sur le terrain comme au ministère de l'Air, dont le «maintien de l'ordre impérial» au Moyen-Orient.

En juillet 1941, il devint adjoint au chef d'état-major au ministere de l'Air ou il soutint que 4 000 bombardiers lourds «constituaient un moyen de triompher de l'ennemi».
Nommé a la tête du Bomber Command de la RAF, en 1942, il lança un certain nombre d'attaques dévastatrices contre des villes allemandes telles que Cologne (le spectaculaire raid des « milles bombardiers ») et Liibeck, en partie afin d'eviter qu'on ne redeploie les bombardiers lourds sur d'autres théatres ou pour qu'ils appuient les forces navales en Angleterre. Partisan résolu, malgré les pertes croissantes, des bombardements nocturnes sur zone, il déplora les tentatives faites pour que la RAF éxécutat des missions diurnes avec concentration sur des cibles industrielles spécifiques, et essaya de convaincre les Americains d'abandonner les attaques de jour.
De concert avec le general Spaatz, il essaya d'éviter la dispersion des bombardiers lourds vers les cibles tactiques du nord de la France. Mais l'opinion du général Eisenhower, soutenu par le president Roosevelt, I'emporta sur celle des deux hommes.